[摘要] 本研究旨在探讨丹参关键酶基因的进化与线粒体质量控制代谢产物生物活性之间的关系。应用代谢组学和转录组学方法研究丹参及其76AH1（CYP450）基因的代谢产物，建立了丹参的进化树（最大似然法）；分析76AH的蛋白质特性，以及从TCMSP、BATMAN和GeneCards数据库下载代谢产物和线粒体质量控制靶点并进行分析；评估PINK1与隐丹参酮和丹参酮IIA的分子对接并鉴定分子结合区。此外，鼠尾草次级代谢产物的特定类型得以准确的鉴定和定量，几乎分析了所有的AH1基因。本研究初步阐明了物种进化与生物活动之间的关系。结构分析表明隐丹参酮和丹参酮IIA在线粒体质量控制中表现出较强的药理活性。

[关键词] 丹参；代谢组学；转录组学；线粒体；酶；进化

[摘要] 肾为“先天之本”，主生长发育，人的形体和生理功能会跟随肾中精气的盛衰而变化。中老年时期，肾中精气日渐减少，衰老的表现也越来越明显。免疫衰老是生命个体常见的现象，包括免疫系统中细胞、分子等数量或功能变化，是导致机体各器官衰老的重要原因之一，可导致炎症水平升高、免疫调节能力下降、器官功能下降等。中医药在延缓衰老方面有着丰富的临床实践案例和药理实验研究支撑。本文基于调节免疫机制，综述了补肾阳、补肾阴的中药与方剂在延缓衰老方面的应用，为揭示中医药的抗老防衰作用提供参考依据，也为抗衰老新产品的开发提供指导。

[关键词] 抗衰老；免疫；肾阳；肾阴；中药

[摘要]目的 目前肝细胞癌的发病率居高不下，患者预后不良，探索有效的预后生物标志物仍具有重要意义。方法 首先，基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库，筛选出差异表达基因（DEGs）。然后，使用加权基因共表达网络（WGCNA）对差异基因进行模块化分析。通过单、多因素回归分析，建立了肝细胞癌的Cox比例风险模型。并用国际癌症基因组联合会（ICGC）队列数据验证Cox比例风险模型的准确性。最后，对预后基因进行了进一步分析，包括功能富集分析和生存分析，以及这些基因的药物敏感性分析。结果 通过WGCNA分析筛选出候选基因，选用HMMR、E2F2、WDR62、KIF11、MSH4和KCNF1构建了Cox比例风险模型（AUC>0.7），低表达组的生存预后优于高表达组（P<0.05）。富集分析结果表明，这6种预后基因在乙型肝炎、丙型肝炎和肝细胞癌相关通路中富集。肝癌患者HMMR、E2F2、WDR62、KIF11、MSH4和KCNF1的表达与总生存率（OS）显著相关，其中HMMR、E2F2、WDR62和KIF11基因在肝癌患者细胞外囊泡中的表达显著异常。这个六基因预后模型对VX-680、TAE684、Sunitinib、S-Trityl-L-cysteine、Paclitaxel和CGP-60474等药物表现出敏感性。结论 基于HMMR、E2F2、WDR62、KIF11、MSH4和KCNF1的Cox风险预后模型可用于预测肝癌患者的预后。HMMR、E2F2、WDR62和KIF11可用作肝细胞癌的血液生物标志物，其生物学功能有待进一步探索。

[关键词] 肝细胞癌；WGCNA；预后模型；生物信息学；甲基化分析；药物敏感性分析

[摘要] 目的 双花耳草（Leptopetalum biflorum）的转录组测序数据缺乏，许多环肽尚未被发现。本研究旨在建立基于从头转录组组装的工作流程来系统性预测双花耳草中的环肽，为环肽的发现及功能分析提供参考。方法 对双花耳草的根、叶和花进行转录组测序（RNA-seq），获得两组转录组测序数据。采用FastQC和MultiQC进行测序质量评估。利用Trinity对双花耳草进行从头转录组组装，并通过读取支持法（Read Support）和BUSCO工具分析对组装质量进行评估。Eggnog-mapper和Trinotate用于注释GO术语（GO Terms）和KEGG通路。利用Transdecoder预测基因序列的开放阅读框（ORFs）和蛋白编码区（coding regions），并通过SignalP软件预测包含信号肽和信号肽剪接位点的氨基酸序列。使用本团队开发的FindCRP 2.0（Find Cyclotide Peptide）软件对获得的氨基酸序列进行环肽预测。结果 利用双花耳草转录组测序数据共组装了171,310个转录本和103,299个基因，转录本平均长度为1,139.89，基因平均长度为780.87。在这些基因中，约30%的基因在其他植物物种中表现出同源性。GO功能分析结果显示有23,265个基因（22.52%）被注释到41个GO Terms（Level 2）。KEGG通路注释结果显示有23,682个基因（22.92%）包含了5,171个KO注释，共参与484条通路。FindCRP共预测到17个潜在环肽序列，其中15个序列具有同源基因。值得注意的是，有5个潜在环肽序列与它们各自的同源基因序列完全一致（100%）。此外，三维结构预测结果显示2个没有任何同源基因序列的潜在环肽序列具备成环能力。结论 本研究建立了利用RNA-seq数据进行从头转录组组装的工作流程来预测双花耳草中的环肽序列，以及在该工作流程中应用自主开发的FindCRP预测工具检测潜在环肽序列。完成了双花耳草的转录本注释并预测了潜在环肽序列，预测结果中的潜在环肽序列与已知环肽具有显著的同源性。

[关键词] 双花耳草；从头组装；环肽

[摘要] 背景与目的 六君子汤是中医经典名方，治疗化疗性厌食具有确切的临床疗效。已有研究证实，GDF15/GFRAL轴与化疗性厌食的发生机制密切相关，并且内质网应激与GDF15水平变化存在潜在联系。本研究旨在探讨六君子汤改善化疗性厌食的作用机制是否与PERK/eIF2α/ATF4/CHOP通路和GDF15/GFRAL表达有关。方法 腹腔注射顺铂建立化疗性厌食大鼠模型，六君子汤灌胃给药。每日记录动物的摄食量与体重变化。造模后24 h和72 h分别取材，检测GDF15/GFRAL与内质网应激关键蛋白的表达水平以及组织病理损伤程度。结果 腹腔注射顺铂后24 h与72 h，六君子汤均可显著改善大鼠的摄食量并降低血清中GDF15水平，该作用可能与六君子汤抑制肝脏及回肠中Gdf15基因转录、改善组织病理损伤以及缓解内质网应激有关。此外，在肝脏与回肠组织中，六君子汤可抑制顺铂诱导的PERK/eIF2α/ATF4/CHOP通路激活；在延髓中，六君子汤可降低GDF15/GFRAL表达。结论 六君子汤可有效改善大鼠化疗性厌食，其作用机制可能与抑制PERK/eIF2α/ATF4/CHOP通路激活、降低GDF15/GFRAL表达有关。

[关键词] 六君子汤；化疗性厌食；GDF15/GFRAL轴；内质网应激；大鼠

[摘要] 外泌体是细胞分泌到胞外的纳米级囊泡，几乎可以由所有细胞释放，携带如核酸、脂质、蛋白质等活性物质，参与细胞间信号转导。因此，外泌体可用作天然药物成分，也可作为生物标志物和药物载体。然而，目前仍缺乏标准化的分离手段来确保外泌体的产量、纯度和质量，从而限制了其应用。因此，高产量、高纯度、稳定性良好的外泌体分离手段并辅以标准化的表征技术有待进一步开发。2018年，国际细胞外囊泡学会（International Society for Extracellular Vesicles, ISEV）发布了外泌体的分离和表征标准指南，本文结合该指南中外泌体的分离鉴定标准，就外泌体的产生、现有的分离技术、原理、优缺点及应用前景进行综述，以期为外泌体的研究提供参考。

[关键词] 外泌体；分离；细胞外囊泡；外泌体；表征

[摘要] 目的 通过体内实验观察清解扶正颗粒（QFG）对葡聚糖硫酸钠（DSS）诱导的溃疡性结肠炎（UC）的抗炎作用，并从辅助性T细胞17/调节性T细胞（Th17/Treg）平衡的角度揭示QFG缓解UC的作用机制，为临床应用QFG治疗UC奠定实验基础。方法 1. 通过DSS诱导建立UC小鼠模型，灌胃给予QFG（1 g/kg）和生理盐水。在第15天对动物进行取样和分析。2. 观察小鼠的一般生长、体重变化、粪便潜血和疾病活动指数（DAI），记录结肠长度。3. HE（苏木素和伊红）染色观察结肠组织病理损伤情况。4. ELISA法（酶联免疫吸附试验）检测小鼠血清中TGF-β（转化生长因子-β）、IFN-γ（干扰素-γ）和IDO1（吲哚胺2,3-双氧酶1）的表达水平。5. 采用Bio-Plex（生物复合体悬液芯片）法测定血清相关细胞因子水平。6. 采用RT-qPCR（实时定量荧光PCR）方法检测小鼠脾脏和结肠组织中相关基因mRNA的表达。7. Western Blot（蛋白质印迹法）法检测RORγt（维甲酸相关孤儿受体γt）和Foxp3（叉状头/翅膀状螺旋转录因子3）在脾脏和结肠中的表达。8. 免疫组化法检测RORγt和Foxp3在脾脏组织中以及IDO1在结肠组织中的表达。结果 1. QFG可改善DSS诱导的UC小鼠的病理状态。2. QFG能显著缓解UC小鼠结肠长度变短，改善结肠组织病理变化，降低IL-1β（白细胞介素-1β）、TNF-α（肿瘤坏死因子-α）、IFN-γ、IL-6细胞因子和IDO1的表达。3. QFG显著降低Th17相关细胞因子IL-17、IL-21、IL-22、IL-25的表达，增加Treg相关细胞因子IL-10、TGF-β的表达。4. QFG可以降低DSS诱导的UC小鼠Th17细胞的转录因子RORγt的表达，升高Treg细胞转录因子Foxp3的表达。结论 1. QFG对DSS诱导的UC小鼠具有改善其体重减轻、降低粪便隐血、降低DAI指数、恢复结肠长度、改善结肠病理损伤的作用，及降低IL-1β、TNF-α、IFN-γ、IL-6细胞因子水平和IDO1表达的作用，表明QFG对DSS诱导的UC小鼠具有抑制炎症的作用。2. QFG通过调控转录因子RORγt和Foxp3的表达，抑制Th17细胞分化，促进Treg细胞分化，维持Th17/Treg细胞平衡，这可能是QFG抑制小鼠结肠炎症的重要机制之一。

[关键词] 清解扶正颗粒；溃疡性结肠炎；Th17细胞；Treg细胞

[摘要] 风湿免疫病是一类通过影响免疫系统导致各种临床症状的疾病。该类疾病不仅会给患者带来疼痛以及生活质量的下降，严重情况下还会增加患者的死亡风险。由于疾病类型多样和患者个体差异使得风湿免疫病的诊断和治疗均较复杂，且发病机制尚不清楚，目前仍需要更多的研究为疾病诊疗提供新线索。据报道，类器官技术可以弥补动物模型物种差异的不足，可更有效地建立体外模型模拟疾病发作机制，可以作为治疗新靶点的筛选平台，以及基于患者来源的类器官筛查个性化治疗方案，类器官有望作为风湿免疫疾病研究的有效工具。本文对类器官的功能及其在风湿免疫病中的应用进行了综述，对类器官在该领域的研究进行了展望并讨论其需要解决的挑战，以期为今后风湿免疫疾病研究提供新思路。

[关键词] 类器官；风湿免疫病；诱导多能干细胞（iPSC）